Logros
Fecha Debut: 3 de Marzo 2019
Palmarés
Campeonatos Ganados: 2
- Liga Nacional: 2
Jonathan Núñez, debuto con Motagua el 03 de marzo del 2019 en el triunfo de visita ante el Vida 1 a 0. Anotando su primer gol con las aguilas azules el 3 de marzo del 2021, en el triunfo fr visita ante el Real Minas.