El Motagua nació para ser uno de los grandes protagonistas del fútbol hondureño. La dedicación de sus directivos, el apoyo incondicional de sus aficionados, de jugadores y cuerpos técnicos a través de su larga historia, han hecho del «Ciclón Azul» una de las instituciones deportivas más respetadas del fútbol hondureño.​

El Motagua fue fundado el 29 de agosto de 1928 por el poeta y deportista: Marco Antonio Ponce, y el señor Marco Antonio Rosa entre otros. Estos bautizaron al equipo como «Motagua», mismo nombre del río que, por algún tiempo, fue motivo de conflicto entre Honduras y Guatemala. Hoy en día, el Río Motagua sirve de zona limítrofe entre las dos naciones al final de su largo trayecto.​

El primer juego de Motagua se dio el 25 de noviembre de 1928 ante Tejeros del España, en la Cancha Lempira de Tegucigalpa.Ese día, Motagua alineó a los siguientes jugadores: Carlos Valladares, José María Zúñiga, Angel Raudales, «Latino» Gálvez, Marco Antonio Ponce, Máximo Cárcamo, Pedro Berríos, Basilio Kafaty, Arístides Raudales, Rómulo Mejía y Rómulo Reyes Flores.

El Motagua, dirigido por Lurio Martínez, disputó su primer partido internacional el 9 de abril de 1939 en la cancha San Felipe de Tegucigalpa contra el equipo Orion FC de Costa Rica, al que venció 3-0 con goles de «Gorgojo» Ramos.Ese histórico triunfo de los azules es inolvidable ya que en esos años ese cuadro tico le ganaba a cuanto rival se le pusiera por enfrente y fueron los «azules» con grandes jugadores encabezados por Raúl «Joyo Chele» Barahona los que lograron ese gran resultado para el país.

​Con 18 títulos de Liga es el segundo en el país y su más reciente título lo alcanzó el pasado 31 de mayo del 2022 al vencer en la final al Real España en San Pedro Sula, logrando el acierto el técnico Hernán «La Tota» Medina que ahora busca el bicampeonato de Liga pero además la Liga Concacaf 1ue se le ha negado los azules en los últimos tres años.

A nivel de títulos el líder es el argentino Diego Vázquez suma 5, Ramón Maradiaga (4), Carlos Padilla (2) y luego con uno Rodolfo «Popo» Godoy (1968), el chileno Néstor Matamala (1978), Ángel Ramòn Rodríguez (1991-92), José «Pepe» Treviño (Apertura 1999-2000), Luis «Chito» Reyes (Clausura 1999-2000), Gilberto Yearwood (Apertura 2001-2002)y Hernán «La Tota» Medina (Clausura 2021-2022).